博物馆开放后，每天前往参观的韩国学生络绎不绝。博物馆的地下室是当年日本监狱拷打犯人的刑讯室。学生们可以看到模拟拷打的情景：血淋淋的韩国爱国人士饱受日本殖民者的折磨，发出阵阵惨裂的痛嚎声。

　　日本在1910年至1945年间对朝鲜半岛进行了长达35年的殖民统治，对抵抗运动进行了残酷镇压，还从韩国征集了大批慰安妇供前线日本军队享乐。

　　8月15日，韩国总统卢武铉曾在朝鲜半岛光复59周年的纪念集会上发表演说，表示要对殖民地时代一些韩国人的亲日历史进行清查。韩国政府表示，即将着手编写“亲日人名录辞典”，记录在日本殖民统治时期韩国人亲日行为等内容。

　　批评人士认为，卢武铉此举的目的是打击那些先辈有亲日嫌疑的反对党政敌，很可能会造成韩国民众的分裂。日本监狱博物馆的参观者认为，现在是重新审视国家历史的时候了，但亲日者的后代不应对他们父辈的行为承担责任。