据公诉机关指控，2002年中到2003年初，林长兴在担任深圳市三九物业发展有限公司总经理期间，未经上级公司及本公司领导班子同意，将三九物业公司公款1030万元，转入其本人及其控制的杨某个人股票账户进行股票交易。2003年10月31日，林长兴从证券公司转款392万余元到三九物业公司账户，归还部分欠款。到年底，林长兴授意公司财务人员将剩余的637万余元欠款，大部分以虚假支付工程款、虚假还欠款方式进行冲抵，剩余小部分，则用未入公司账的公司售房款予以冲抵。通过以上方式，林长兴将637万余元公款贪污。

    2003年间，三九工程开发总公司拟开发南山区科技园某项目。该公司副总经理、财务总监林文清引荐深圳市中城建设工程有限公司董事长柯志雄给林长兴，双方签订合作开发该项目协议。此间，三九工程开发总公司开会研究争取相关部门能对地价款予以减免，并表示可为此事支付相应的劳务费。柯志雄找到林长兴表示可以帮忙，但要劳务费。2004年下半年，三九工程开发总公司依照协议向中城公司支付350万元劳务费。柯志雄指示其公司财务，通过银行转账方式，送给林长兴、林文清198.5万元。林文清根据林长兴指示，将其中94.9万余元归还林长兴在三九公司的借款，将其中23万元拿给林长兴，其余由林文清保管。