“农合法”被定位于同公司法、合伙企业法和个人独资企业法一样的市场主体法，作为其最重要的配套法规，《条例》共6章33条，包括总则、登记事项、设立登记、变更登记和注销登记、法律责任、附则等内容。 　　

　　按照“农合法”的规定，农民专业合作社是在家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。 　　

　　近年来，政府力促农民走向组织化、农业走向产业化，力图通过农民合作组织的发展，来降低农民与市场、政府之间的交易成本，塑造和提升农民的市场主体地位，使一直以小农经营为主的中国农业能够应对经济市场化和全球化条件下的挑战。这部法律就是意在为此提供法律支持。 　　

　　此次出台的《条例》沿承“农合法”确定的原则，细化了在出资方式、业务范围以及成员身份方面的限制。但是，有长期从事农合组织研究和实践的人士认为，这三重限制一方面规范了农合组织的架构，另一方面，也可能造成农合组织未来发展的障碍。 　　

　　《条例》第八条规定，农民专业合作社成员可以用货币出资，也可以用实物、知识产权等能够用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资，不得以劳务、信用、自然人姓名、商誉、特许经营权或者设定担保的财产等作价出资。 　　

　　这实际上对非货币财产出资限制较为严格，对于本来就缺少资金、缺乏融资手段的农民较为不利。浙江瑞安市副市长、清华大学博士后陈林表示，在“农合法”和《条例》里都没有明确土地承包经营权是不是可以出资，“尽管也没有禁止，但是，如果法规上不明确，现实中就很难办。” 　　

　　另一重限制是在业务范围上。《条例》规定，农民专业合作社业务范围可以有农业生产资料购买，农产品销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务，具体由其章程规定。 　　

　　如果有“从事业务范围以外的经营活动”的，将被追究法律责任，情节严重的，将被“吊销营业执照”。 　　

　　这种对经营范围的限制，在我国早期的经济立法中较为常见，但是随着市场经济的发展和改革的推进，无论立法上还是实务上，对于企业工商登记的经营范围，越来越放宽。有关合同法的司法解释就已经明确，当事人超越经营范围订立合同，法院不因此认定合同无效。 　　

　　陈林认为，合作组织最本质的特征不在于经营范围（服务的“专业”内容），而是服务对象以组织内部成员为主。不能试图通过限定经营范围来保证为农服务，而是应该从合作组织的内部构造来实现。 　　

　　陈林说，对于农民专业合作组织的经营范围施加比企业还要严格的限制，一方面，将导致很多农合组织为了避免落入“违法经营”的禁区而不得不广泛罗列其业务范围；另一方面，实际运行中这种规定也很难得到遵守，实践中往往陷入法不责众的尴尬。 　　

　　而最受争议的是对农民身份的限制，以及对"农民"标准的判定。“农合法”和《条例》规定，农民专业合作社的成员中，农民至少应当占成员总数的80％。 　　

　　对于何谓“农民”，《条例》规定，农民成员的身份证明为农业人口户口簿；没有农业人口户口簿的，为居民身份证和土地承包经营权证或者村民委员会（居民委员会）出具的身份证明。而非农民成员的成员身份证明为居民身份证。 　　

　　随着经济社会发展，“农民”概念的内涵和外延不断发生变化。我国兼业小农为主的现实，注定了农民身份确认在操作上的困难。 　　

　　以户籍管理上的“农业户口”为标准，将很难操作。随着户籍改革的推进，很多地区已经取消了农业户口与非农户口，代之以城乡统一的居民户口；如果以实际从事农业为标准，情况往往在变动之中，很难逐一核查。 　　

　　陈林认为，合作制是一种经济组织形式，甚至也是一种社会组织形式，与特定的成员身份没有必然联系，立法首要的是赋予其法人地位，确立其治理结构和合作原则。