扁幕僚所提供的数据，包括“国安局”提供给“外交部”的台湾中国农民银行账号(2010120246)，以及刘泰英开设于亚太商银，用以接受尹衍梁“捐款”的账号(0219220126262)；均为当时检调单位查案时未出现的汇款账号。

　　至于扁主政时的台高层官员既已将“巩案”中李登辉、刘泰英、尹衍梁角色调查清楚，为何当时不办？陈水扁核心幕僚指称，“当时不杀李，的确有政治考虑。”不过检方并未紧追此案，否则应可提早水落石出。

　　根据扁当局当时所做调查报告，当时李登辉任内承诺“金援”南非美金1050万元，1994年5月17日台“外交部”协调殷宗文以“国安局”经费垫付。其后，“国安局长”殷宗文、会计长徐炳强和出纳刘冠军分别于1995、1996、1997年间，以违反“预算法”的方式，偷偷用“国安局”法定预算结余款1.1135亿元、1100万元及7028.5万元回补“奉天专案”。

　　前扁当局高层指，从1998年上半年度呈阅李登辉的明细表显示“巩案垫款”项“仅余差额8948860元待补”，因此李登辉应知此案只剩8000多万元需再回补。

　　不过，调查发现，1998年9月间殷宗文透过李登辉办公室主任苏志诚向台“外交部”多次催讨。台“外交部”指归还“国安局”1070万美金，仅归垫8900余万元，另外的2.5亿元就流入台综院。

　　调查指，徐炳强指示刘冠军向中国农民银行借用该行在台湾中国商业银行纽约分行的账户做为指定汇款账户，接受“外交部”还款，却未存入“国安局”既有外币账户。之后又由徐炳强指示刘冠军将“外交部”汇款农民银行岛外账户内的款项在二月四日转入“盛昌贸易公司”化名的外币银行，公款至此流入私人账户。

　　调查发现，该笔经费转成千元面额旅行支票七千五百张，交润泰集团尹衍梁进行洗钱。尹衍梁以其个人及润泰建设、兴业建设、评辉等集团子公司名义捐赠，将公款洗钱为私人款项再回赠台综院。刘泰英于亚太商银账户接受尹的捐款，用以炒作中华开发股票、支付台综院房舍及李登辉办公室款项，2000年5月间还将余款1200万元并入台综院账户供其使用。

　　当时“府”方高层情资显示，殷宗文、徐炳强与刘泰英于2002年3月26日至桃园大溪鸿禧山庄李登辉寓所研议，假称台综院第四所为“国安局”外围机构，就是意图将侵占、挪用公款的犯行合法化。