东京国际审判持续了两年半的时间，从1946年5月30日到1948年11月4日，共开庭817次，审判记录48412页，在听取了400多位证人的证词，收到4000份左右的证据后，法庭作出了判决，判决书长达1212页，可谓历史上最大的一次审判。虽然在一些案子上有细微的出入，但是所有的被告都被发现犯有下列一项或多项罪名：参与密谋发动在东亚和太平洋地区战争，组织、批准或没有采取适当措施阻止战争罪行发生。最后，7名被告被判处绞刑，16名被告被判处无期徒刑，1名被告被判处二十年徒刑，1名被告被判处七年徒刑，3名被告的立案被取消，因为2名被告在审判期间死亡，另1名被告被发现有精神病。

　　反和平罪、反人道罪和战争罪

　　在东京国际审判宪章中，这些罪行被定义为“计划、准备、指使或者进行公开宣布的或未宣布的侵略战争，或者是违背国际法的战争，……或者是参与一个共同的为了达到前面所讲的任何目的的计划和密谋”。

　　日本的国际法专家高野雄一教授坚持认为，太平洋战争是日本在中国和其他地方采取的“侵略战争”模式的扩张。因为在非战公约的第一款就庄严地谴责采取战争方式解决国家间的争端的行为。日本作为公约的签字国，有义务对公约的每一项规定、准则和原则负责。因而，东京审判认为，任何国家，就像日本，以战争作为国际政策的工具违反了公约，应该为“犯下的罪行”负责。

　　日本帝国官兵对战俘和非武装的平民施加的难以形容的不可计数的暴行，切实地被定性为“反人道罪”。这些罪行在东京国际审判宪章中被定义为：“谋杀、灭绝、奴役、流放和其他的在战前和战争中犯下的非人道罪行，还有出于政治和种族原因的种种迫害。”

　　美国国际法专家爱普生认为，反人道罪可以从公认的国际法的根源中引申出来，对谋杀和其他非人道罪行判罪是当时法律的一个基本原则，这一点为所有文明国家所接受。

　　不过，很可惜的是，关于反人道犯罪，有很多却被美国主导的东京审判有意规避了。比如说，日本政府和军队在中国、朝鲜、菲律宾和亚洲的其他地区大规模实行随军“慰安妇”的罪行。

　　另外，由于美国方面想获得日本细菌部队的数据，害怕这些数据落到苏联人手中，而对日本军队中对战俘和平民进行生物武器试验和攻击的科学家、医生放弃审判。美国也没有追究日本军队和企业的强制战俘劳动问题，尽管有大约2万名美军战俘被送往日本为日本公司从事重体力劳动。

　　东京审判宪章第五条把“战争罪”定义为“对国际法和习惯法的违反”。习惯法指的是国家间广为接受的行为准则。根据爱普生的说法，在二战以前很久，国际社会就已经形成了公认的国家习惯法准则。大规模的战争犯罪，将受到俘虏和拘禁战争犯罪者的国家的审判和惩罚。这种习惯法也得到了国际法的确认。

　　日本战争罪行违反日内瓦公约

　　对东京审判中的被告判处的特别的战争罪行，在日内瓦公约中有专门的规定。例如，公约的第二条规定，战俘必须一直受到人道对待和保护，特别反对暴力行为；应该为战俘提供住宿的房屋或兵营，提供尽可能的卫生和健康保证（第10条）；不仅如此，作为劳工的战俘必须得到合适地保护、照顾和对待，并要付给工资（第28条）。

　　尽管日本没有批准1929年的日内瓦公约，但是政府明确地签署了合约，就立即有义务不违反合约的精神，成为一个遵守公约条款承担道德义务的签字国。而且1907年10月18日签署的第四次海牙公约，涉及陆战的法律和习惯法，却是被日本批准的，它包含着几乎等同于日内瓦公约有关内容的规定。根据国际法和习惯法，盟国审判它们俘虏的犯有战争罪的日本被告，有完全的合法性。

　　日本战争罪行违反海牙公约

　　海牙公约的序言中如是说，“战俘必须得到人道对待”。

　　日内瓦公约规定了交战国对于伤病者的义务。（第21条）下列行为被日内瓦公约特别禁止的——（a）使用毒物和有毒武器；（b）恶意杀伤属于敌对国家和军队的个人；（c）杀死或伤害放下武器的或者没有防守器械的和已经明确投降的敌军士兵；（d）宣称不给俘虏提供住宿地；（g）损坏或抢劫敌人的财物（第23条）；禁止攻击或轰炸不设防的市镇、农村、居民点和建筑物（第25条）；发动攻击时，抢劫市镇或地方，是被禁止的（第28条）。

　　日本违反了上面的任何一项条款。在1937年至1938年长达七周的南京大屠杀中，日本军队犯下了无可推卸的“反人道”罪行。正如张纯如详细记述的那样：数以万计的青年男子……被机枪扫射，被当作刺杀训练的靶子……被当作了斩首竞赛的目标……或者被浇上汽油活活烧死……据估计两万到八万的中国妇女被强奸。

　　第四次海牙公约不仅仅鼓励成员国保护战争中的战斗人员，也鼓励成员国妥善保护平民。

　　日军不加区别地对待战斗人员和平民，对怀疑在中国和其他地区参加民众抵抗运动和游击队的非战斗人员进行了严厉的处罚，理由是这些行动对日本有敌意。在很多情况下，这些被逮捕的人，不管是战斗人员还是非战斗人员，都没有当作国际法下的俘虏，而是因为怀疑反抗日本被迅速处决了。

　　第四次海牙公约也保证了“如有情况需要，违反公约规定的交战方，将有责任支付赔偿”。但直到今天日本政府仍然拒绝向受害国政府和受害者个人支付赔偿。

　　不仅仅是国际法，日本也违反了自己的习惯法。

　　虽然东京审判有缺陷，但它确定无疑是合法的。日军在中国和其他地方犯下的罪行会让普通人自动的产生震惊和反感的感情。日本人不能认为“你对我做了很多罪孽，所以我也应该遗忘我的罪孽”，这只能反映日本人“苍白的精神贫乏”。日本的战争罪行已经得到了国际法庭的公正裁决，东条英机、松井石根等甲级战犯被处决，日本军国主义的血腥暴行，将永远被钉在人类历史的耻辱柱上！

　　（摘自《追求历史的正义：日本战争罪行》）

　　在东京审判法庭上宣读的判决书被称为“多数派判决”，但持少数派意见的如法国法官及印度法官等虽未参与讨论，也仍然参与了多数派判决草案的撰写，故东京审判判决书当属全体法官共同审议拟定。

　　庭长韦伯意见

　　庭长韦伯认为被告有罪的根据与多数派意见不同，单独撰写了共21页的个别意见书。韦伯对“共同谋议”罪行概念在法庭上的适用性提出质疑，同时又为之寻求辩护。在量刑问题上，韦伯反对对犯有普通战争罪和反人道罪的被告判处死刑，认为更合适的刑罚是终生流放海外。韦伯还指出一个不适用死刑的原因，是诸被告的最大上级日本天皇已经被授予了豁免权，而韦伯一直主张天皇应当受到审判。

　　菲律宾法官意见

　　菲律宾法官哈那尼拉的附和意见书共35页。哈那尼拉对东京审判的宪章及管辖权的重大问题进行了全面地肯定，包括认为美国使用原子弹属于正当行为，同时认为东京审判的判决结果过于宽大，主张所有被告均应判处极刑。哈那尼拉本人是日军在菲律宾制造的“巴丹死亡行军”的幸存者之一。

　　荷兰法官意见

　　荷兰法官勒林的少数派意见书有343页。勒林认为法庭不应处处受制于宪章的约束，同时法庭的管辖权应限制在太平洋战争，故日俄边境冲突（张鼓峰和诺门坎事件）应排除在外。在考虑量刑的时候，勒林认为“共同谋议”罪名是英美法国家的制度，仅仅“反和平罪”一项罪名不应判处死刑，除非被告同时犯有普通战争罪。

　　法国法官意见

　　法国法官贝尔纳的反对意见书有23页。其主要异见集中在：侵略战争非法性的依据应当依据自然法原则而非检方援引的巴黎非战公约；检方对“普通战争罪”中“不作为”的责任认定不当；远东国际军事法庭程序存在重大缺陷，包括被告辩护条件未被满足以及简单形成多数派意见的判决；天皇应该受到指控。

　　印度法官意见

　　印度法官帕尔是东京审判法官中唯一主张全员无罪的法官，其少数派意见书在法庭记录中长达一千多页，主要观点包括：不存在“共同谋议罪”；反对侵略罪为非法；反和平罪是法庭事后法的结果；个人不负国际法上的刑事责任；不作为不构成犯罪；日本袭击珍珠港属于自卫而非侵略。

　　（摘自《东京审判研究手册》）